Ziyoratgoh tarixi: Samarqand shahri qadim zamonlardan butun dunyoga maʼlum va mashhur. Uning zaminidan topilgan arxeologik topilmalar bu koʻhna shaharning qariyb 3000 yillik tarixga ega ekanligi haqida guvohlik beradi. Ana shu umurboqiy shaharning eng muqaddas, eng qadimiy ziyoratgoh va meʼmoriy obidalaridan biri-Hazrati Xizr masjididir.

“Hazrati Xizr” masjidi Samarqanddagi birinchi solingan masjid boʻlib, arab xalifaligining Ummaviylar saltanati lashkarboshi Qutayba ibn Muslim tomonidan milodiy 712 yilda asos solingan. Bu maskan bevosita barhayot Hazrati Xizr (“Hizr” Islom rivoyatlaridagi shaxs. Qurʼonda nomi zikr qilinmagan, lekin ulamolar Qurʼondagi Kahf surasida zikr qilingan “Allohning quli” nomi bilan zikr qilingan shaxsni “Xizr” deb talqin qiladilar) nomi bilan bogʻliqdir. Qadimiy xalqlar eʼtiqodiga koʻra, Xizr tiriklik suviga ega boʻlgan, eʼtiboriga loyiq odamlarning istaklarini ado etgan, ekinlar hosildorligiga yordam bergan avliyo boʻlgan. Naql qilinshicha, Hazrati Xizr bilan uchrashuv har doim baxt, omad va boylik keltirgan. Bizgacha yetib kelgan vaqf hujjatlarining dalolat berishicha, masjid majmuaning umumiy bir qismi boʻlgan. Yorliqlardan birida koʻrsatilishicha Qusam bin Abbos maqbarasi va Hazrati Xizr masjidi bitta vaqfga tegishli mulklar hisoblangan.

Shahar shakllangan dastlabki davrlarda ham Hazrati Xizr masjidi joylashgan tepalik muqaddas qadamjolardan biri hisoblanib kelingan. Bunga uning shahar darvozasi oldida joylashgani sabab boʻlgan boʻlsa, ehtimol. Baqtriya, Hindiston, Erondan keladigan karvonlar shu darvoza orqali shaharga kirib kelardi. Masjid yonidan shahar aholisini suv bilan taʼminlaydigan Joʻyi Arzis suv quvurining oʻtishi shahar uchun alohida ahamiyatga molik edi. Arablar shaharni egallab olishgach, bu muqaddas joyning oʻzlari uchun qanchalik ahamiyatli ekanligini yaxshi tushunib yetganlar va uning obroʻ – eʼtiboridan oʻz manfaatlari yoʻlida foydalanganlar (Avliyo Xizr rivoyatlarga koʻra, barcha yoʻlovchilarning, sayyohlarning piri boʻlgan). Abu Tohirxoʻjaning yozishicha, masjid Qutayba tomonidan Hazrati Xizr ishorasi bilan qurilgan. Boshqa bir rivoyatda, esa bu binoning birinchi gʻishtini Hazrati Xizr alayhissalom qoʻyib, qiblasini sahobalar tiklagan ekan. Aytishlaricha, kimda-kim qirq dushanba kunini ulashtirib Bomdod namozini oʻsha masjidda oʻqisa, Hazrati Xizrni koʻrar ekan. Masjid keyingi yillarda vayronaga aylangach, Amir Muzaffarxon (1860-1885) tomonidan qayta tiklangan. Masjidning hozirgi binosi XIX asrning oʻrtalarida qadimgi masjidning poydevoriga tushgan. Keyinchalik bu bino ham bir necha marta taʼmirlangan.

2016 yilda Davlat dasturi asosida katta qurilish va obodonlashtirish ishlari olib borildi. Doimiy davriy-joriy taʼmirlashlar olib boriladi.